Après un doublement du trafic sur la période 1995-2012, lié à des investissements et une politique tarifaire agressive, la Cour note que la fréquentation tend à diminuer depuis cette date, pour de multiples raisons. La montée en régime du covoiturage ou des cars Macron, mais aussi l’accroissement des travaux sur le réseau, les nombreux trains déprogrammés ou les grèves à répétition (en 2014, 2016, 2018 et tout dernièrement en 2019), ont joué leur rôle. Or pour les régions, devenues depuis 2002 autorités organisatrices de transport ferroviaires mais qui ne peuvent choisir leur exploitant comme en Allemagne ou en Suède, la charge financière du système est de plus en plus lourde.
 
Les coûts totaux du TER (exploitation, investissements, charges de retraite, etc.) s’élevaient à 8,5 milliards d’euros, dont 88 % sont couverts par des subventions publiques : soit 3,9 milliards à la charge des régions et 2 milliards pour l’Etat, détaille le rapport. Premier poste budgétaire des régions (un quart du total), les transports, au premier chef le rail, ont reçu de leur part 10,3 milliards d’euros l’an dernier, selon Régions de France. En face, les abonnés des lignes régionales « contribuent à hauteur de 0,3 milliard et laissent au contribuable une charge de 3,8 milliards d’euros, soit 12.000 euros HT par abonné et par an », calcule la Cour. Au final, et malgré de réelles disparités locales, « le coût moyen par voyageur atteint 61 centimes par voyageur-kilomètre, faisant du TER le mode de transport le plus coûteux, à l’exception du taxi d’un ou deux passagers ».

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